追查到底，庞保、刘成上面的人物牵扯太多，应当适可而止。”吴道南于是按孙承宗所说的去做，将此事平息了下来。

同年（1615年），孙承宗主持帝国的应天乡试，因为试题上写了孙承宗的语录，而遭到党人的忌恨，党人试图利用官员每三年一次的考核将孙承宗逐出京师，学士刘一燝力保孙承宗，孙承宗得以豁免后来天启帝即位后被聘为帝国老师。

天启元年（1621年），孙承宗官升少詹事。同年，后金进攻辽东，沈阳、辽阳先后被攻陷，辽东经略袁应泰自杀。御史方震孺奏请熹宗朱由校以孙承宗代替崔景荣为兵部尚书，朝中大臣也认为孙承宗知晓兵事，推举孙承宗为兵部添设侍郎，主持辽东防务，但明熹宗不想让孙承宗离开讲席，二次上疏都不被同意。

天启帝：【孙老师你不要走我还想听你讲解军事呢而且后金太危险了，我在保你啊】

孙承宗也很着急，只是他一个文人也无法及时解决东北战事啊除非！陛下升我官员。

不久，清兵进逼广宁，王化贞竟然弃城逃跑，熊廷弼跟他一起进入关内。兵部尚书张鹤鸣害怕获罪，外出巡视边防。

据说王化贞曾经对天启打包票说，他的堡垒战略能够对抗后金结果呢！岂有此理！竟然被后金拔了，还丢了辽东，更可恶的是！熊廷弼竟然也跑来了！你怎么不去投敌！他喵的。

天启气坏了，于是任命孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，入朝办事。过了几天，命令他以阁臣身份掌管兵部事务。孙承宗上疏请求重视武将，并奏上安抚西部、救济辽阳的难民、检查京师部队、增设永平大帅、修筑蓟镇的道路、开辟京东地区的屯田等对策。皇帝高兴地采纳了。这时边防多次告急，内阁大臣只希望暂时相安无事，而议论却一天比一天纷扰起来。孙承宗于是参劾熊廷弼、给事中明时举、御史李达、辽东巡抚方震孺、登莱监军梁之垣、蓟州兵备邵可立等人说他们上任只知道浮夸欺骗陛下欺骗帝国按照律当免职上帝国的军事法庭！

天启帝在朝堂上非常气愤：“岂有此理，朕给你们加油打气一个个对朕对帝国拍胸脯打包票说有你们在帝国东北边境无忧，朕也能安心做事【木匠活】结果呢一个个什么样不是跑回来就是拿着工资去搞其他的事真当我是瞎子聋子，你们一个个给我下课去吧！

熊廷弼被罢免后，朝廷以王在晋为辽东经略。王在晋上任后打算袭取广宁所以他说：我得想办法夺回广宁

，但总督王象乾认为就算能攻取广宁，但也不容易守住，还不如重守山海关防卫京都。于是王在晋在山海关外八里铺修筑重关，留四万人马去守。

袁崇焕认为王在晋此举不是好的策略，与王在晋争辩无果后，上书给首辅叶向。高叶向高却认为不能凭主观猜测，于是天启帝看了后召见孙承宗

于是孙承宗请求亲自前往辽东决断。朱由校非常高兴，加封孙承宗为太子太保，并赏赐蟒袍、玉带、银币等。

孙承宗到达山海关后，巡行边塞，袁崇焕向孙承宗请示道：“在宁远驻扎五千兵力，以壮十三山的声势，然后派遣将领带兵去救援十三山。宁远距离十三山只有两百里，可以轻易占据锦州，如果不行再退守宁远，怎么能放弃十万难民？”孙承宗于是与总督王象乾商议，王象乾认为驻扎关上的军队刚刚打了败仗，士气沮丧，不如调动插部护关的军队三千人前往宁远，孙承宗同意后一方面调兵前往宁远，一方面去救难民，救援失败，十万难民只救回六千人。

孙承宗对此询问王在晋：“新城修筑好以后，是不是要将旧城的兵马移四万人来驻守？”王在晋说：“应该另外设立一支四万人的军队。”孙承宗说：“这样一来，八里铺就有八万兵了，可是一片石西北不派兵驻守吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城，旧城前面埋的地雷是用来对付敌人的，还是用来对付自己新兵的？新城可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”王在晋说：“关外有三道关可以进入。”孙承宗说：“如果这样的话，敌人兵临城下，士兵像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”王在晋说：“准备在山上建三座营寨，防止士兵溃逃。”孙承宗说：“士兵没有溃败就修筑营寨等待他们，你这是在教士兵逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，敌人也可以尾随他们进来。你现在不为恢复做打算，却在这闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷争斗，京都以东还有安宁之日吗？”王在晋无话可说。孙承宗于是召集诸将商议关外防守的问题。袁崇焕主张守宁远，阎鸣泰主张守觉华岛，王在晋主张守中前所。

孙承宗采用袁崇焕的建议，并亲自镇守关门。而后明熹宗在孙承宗的建议下罢免了王在晋的辽东经略之职，后来孙承宗大破后金斩敌上万取得胜利。

直到柳河之败才终结他的辉煌，期间他还主动出击

遣搭档袁可立率军出击他竟然能在数月内组合优势兵力纵横海上，战线绵延上千里，调度两镇兵马多次奇兵突袭，以反间计策反后金女